商代是中国奴隶社会的发展时期，它的国家机构比起夏王朝更加完备。随着商王朝势力范围的不断扩大，以及政治、经济、军事等方面发展的需要，都城也由南向北进行迁徙。据有关文献记载，从商灭夏建都于“亳”到盘庚迁都于“殷”，商王朝曾有五次迁都。即仲丁由“毫”迁都于“隞”，河亶甲迁“相”，祖乙迁“邢”，南庚迁“奄”，盘庚迁“殷”。
“相”在河南内黄县境内，“邢”在温县与武陟一带，“奄”在山东省曲阜附近，这三处都城遗址还没有进行过周密的考古调查与发掘工作，所以确切点尚不清楚。至于“亳”和“瞰”曾有过争论，结合文献记载和考古发掘材料，现已明确：商汤建的西亳在今偃师尸乡沟，仲丁建的瞰都在今郑州，盘庚迁都在今安阳小屯一带。
1983年中国社会科学院考古研究所发现了偃师尸乡沟商城遗址。经过发掘，考古工作者对城址的形制布局、城内文化堆积等问题都有了初步的了解。城址大体为长方形，除南墙被洛河冲毁外，其他三面城基本完好，东西宽为一千二百多米，南北长约一千七百米，城墙全部用夯土筑成，墙体一般厚约十八米，残高两米左右。目前已经找到七座城门。在城址里出土有陶器、铜器、玉器、石器、骨器。城内有纵横交错的大道和排水设施。尸乡沟商城在大城之内发现宫城，宫城之内又有若干组宫殿建筑，主次分明，布局清楚，是目前发现具有真正规模的古代城市。《汉书·地理志》：“尸乡，殷汤所居。”《括地志》：“河南偃师为西毫，帝辛及汤所都。”文献记载与地下出土实物相证，偃师尸乡沟正是商汤所建的都城。
郑州商代遗址早在1950年秋即被发现。1955年在遗址中部又发现一座周长约七公里的城墙遗址，残留的城墙最高处九米。商城面积约二十五平方公里，这就是仲丁建的“瞅”都。在此发掘出大量房基、地窖、水井、壕沟和墓葬等遗迹。在城的北墙和南墙外，均有冶铜作坊遗址；西墙外有制陶作坊遗址；北墙外还有制骨作坊遗址。在这些作坊遗址中发现了冶铜用的坩埚残片、红烧土块、炼渣和数以万计的铸造青铜的陶范，还有陶器、制陶工具、陶窑和上千件的骨器成品、半成品、骨料以及磨制骨器的砺石等丰富的遗物。在一座商代墓内出土的青瓷尊尤为引人注目，它和陶器已有明显区别，代表着当时陶瓷工艺的最高水平。1974年在城外发现两个大铜方鼎。一号鼎曾先后在日本、美国等地展出，二号方鼎陈列在本馆展厅内，两件大鼎引起国内外考古界人士的重视。鼎为传国重器，两件大鼎的出现为郑州曾是商中期都城提供了佐证。
殷墟是商代后期的国都，自从盘庚迁都于此至商最后一个王商纣，共经历273年。西周灭商后建都镐京，殷地逐渐废弃，后人称此地为殷墟。殷墟是商朝奴隶制度发展到全盛时期的政治、经济、军事和文化中心，这座举世闻名的文化古都经过半个多世纪的考古发掘和考古调查，它的布局和轮廓已经比较清晰。
殷墟总面积24平方公里，商王居住的宫殿位于现在的小屯一带，也就是洹河南岸，王陵区在洹河北岸的武官村、侯家庄和西北岗之间的广大空地上。小屯及其附近发现有铸铜、制陶、制玉、制骨等手工业作坊。可是在小屯周围没有发现城墙，只发现了一条巨大的晚商壕沟。据推测，这就是商代王宫周围用人工挖成的防御设施。殷虚出土文物极其丰富，仅甲骨就有十几万片。著名的武官村大墓，妇好墓在此发现，妇好墓是目前惟一一座保存完好，并且能够与文献联系而确定墓主的商代王室墓葬。
随着考古资料的不断发现和丰富，人们对商代都城已有了明确的认识：偃师尸乡沟是商早期的都城，当时称“毫”。中期都城在郑州，当时称“瞰”，晚期的都城在安阳小屯一带，当时称“殷”。不同时期的商都为研究商代历史提供了珍贵的资料。
商代都城为什么这样频繁地迁徙呢。一是为了经济的发展，由于黄河常发生水患，给人们带来灾难，所以不得不迁徙。但重要的原因是出于政治上的需要，由于统治阶级内部的争权夺利，因而新王用迁都来摆脱旧势力的控制，以巩固自己的权力。
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